Caractérisation moléculaire des ressources du CIRM - CFBP pour le genre Streptomyces et mise au point de PCR de détection pour le genre Streptomyces et le complexe Pseudomonas syringae

Extraits du rapport de stage

[...] Remise en culture des souches bactériennes Première étape de la mise en suspension d'une souche bactérienne. Les souches concernées par notre étude sont déposées sur milieu de culture spécifique, composé d'éléments nutritifs lui permettant de se développer (cf. annexe et de former des colonies. L'ensemencement de la souche a pour objectif d'isoler des colonies et de distinguer les différents phénotypes possibles. Cette étape est réalisée selon la technique du cadran (cf. figure 5). Les bactéries se développent sur le milieu dans un délai de 2 à 4 jours selon les genres étudiés. [...]

[...] Caractérisation moléculaire des ressources du CIRM - CFBP pour le genre Streptomyces et mise au point de PCR de détection pour le genre Streptomyces et le complexe Pseudomonas syringae Organisme de formation: Faculté des sciences d'Angers Organisme d'accueil: INRA - IRHS Rapport de stage 2ème année de Licence Sciences de la Vie et de la Terre Parcours Biologie Cellulaire, Moléculaire et Physiologie (BCMP) Année universitaire 2016 - 2017 Caractérisation moléculaire des ressources du CIRM- CFBP pour le genre Streptomyces. Mise au point de PCR de détection pour le genre Streptomyces et le complexe Pseudomonas syringae Auteur : N. D. Tuteurs : G. T. et P. P. Remerciements A travers la rédaction de ce rapport, je tiens dans un premier temps à remercier Mme XXXXXXXX et M. [...]

[...] Pour ce faire, notre travail doit valider : - La détection de toutes les souches du genre Streptomyces que nous avons confirmé par une séquence 16S correspondante - L'absence de détection de souches qui n'appartiennent pas au genre Streptomyces 12. PCR de détection par couple d'amorces Conformément au protocole proposé par Saadoun and Gharaibeh en 2007, on utilise les trois couples d'amorces recommandées que l'on va tester sur les souches mises en suspension. Nous faisons les constats suivants : - Aucun couple d'amorces ne détecte seul l'ensemble des souches du lot, contrairement aux résultats affichés dans la littérature - Une grande variabilité dans la capacité de détection d'un couple d'amorces à l'autre (de 0 à le couple d'amorces AM45/AM47 donnant les meilleurs résultats. [...]

[...] Elles sont cultivables sur mileu LPGA, où elles forment des colonies à coloration non homogène, rondes, poudreuses et légèrement enfoncées dans la gélose (cf. figure 1). Un grand nombre de ces souches présentent la particularité de produire des antibiotiques, comme notamment la streptomycine générée par S. griseus. Figure 1 : Culture de Streptomyces paucisporogenes sur milieu LPGA Elles constituent des organismes phytopathogènes dont le principal aspect nuisible concerne la gale commune de la pomme de terre. En effet, les principales espèces responsables (S. [...]

[...] Puis le mélange est prélevé pour être transféré sur une plaque de 96 puits qui servira de support de prélèvement pour nos analyses. Chaque suspension est référencée dans notre étude et localisée selon un plan de plaque. Cette plaque est ensuite mise en congélation Libération de l'ADN bactérien par lyse thermique C'est l'alternance congélation/ébullition qui aboutit à la lyse cellulaire et à la libération du matériel génétique. Cette opération est rendue possible par la mise en ébullition de la suspension congelée, et ce pendant une période de 20 minutes à l'aide du thermo-cycleur Modifications apportées au processus Quand le cycle congélation/ébullition ne suffit pas pour rendre disponible l'ADN des cellules, on peut utiliser la méthode de lyse par choc sodique. [...]